七十年前神秘的罗斯威尔事件，希望两者都能揭开政客利用外星人控制人类的事实。以此为契机，关闭已久的X档案重新开启。 Mulder，曾经对各种奇怪的事件、隐藏的真相和人类可怕的未来失去信心，没有人认为他会再次与 Scully 的公司一起旅行。而一路上，过着颓废生活的前联邦特工福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和他最信任的搭档、在特殊任务医院当医生的达娜·斯科特·李（格伦·安德森 Glenn Anderson 饰）重逢。他原来是一档节目的主持人，目的是揭露政坛，至今对全人类的影响还是很大的。很少有人能一窥全部真相，即使它就在那里。总有一天，他们会一个接一个出现在他们面前。